Möller từng thi đấu cho Eintracht Frankfurt (1985–87, 1990–92, 2003–04), Borussia Dortmund (1988–90, 1994–2000), Juventus (1992–94), và Schalke 04 (2000–03).

Giai đoạn đầu chơi cho Borussia Dortmund, ông vô địch cúp bóng đá Đức mùa 1988–89. Sau khi chuyển sang Ý chơi cho Juventus, ông vô địch cúp C3 châu Âu (tiền thân của Europa League) năm 1993, sau khi đánh bại câu lạc bộ cũ của ông, Borussia Dortmund với tỷ số 6–1 chung cuộc, trong đó Möller ghi 1 bàn và có 3 pha kiến tạo sau 2 lượt chung kết. Sau khi trở về Dortmund, ông vô địch Champions League năm 1997, một lần nữa ông lại đánh bại đội bóng cũ, Juventus với tỷ số 3–1 tại trận chung kết, trong đó ông kiến tạo 2 bàn thắng; sau đó ông vô địch cúp bóng đá liên lục địa cũng trong năm đó. Với Schalke, ông vô địch cúp bóng đá Đức 2 lần năm 2001 và 2002.